洪澇災害發生后，由于災區自然環境遭到破壞，同時災區群眾由于居住條件惡劣、營養不良、精神心理壓抑，使機體對疾病的抵抗力下降，以及災區衛生防病措施被損害等因素均易導致自然疫源性疾病的流行和暴發。這些自然疫源性疾病包括腎綜合征出血熱（又稱流行性出血熱）、鉤端螺旋體病、流行性乙型腦炎、血吸蟲病、鼠疫、碳蛆、布魯氏菌病等。
洪澇災區群眾預防自然疫源性疾病，必須做好以下幾點：
（1）盡量減少接觸污水，不要在污水中洗衣、游泳等，避免光腳踩水；
（2）盡量穿著長衣、長褲和淺色衣物，減少露宿，不要直接坐在林間地頭、草叢中休息，確需在野外工作生活的。應使用驅避劑和蚊帳等防護用品；
（3）殺滅蚊蠅、防鼠滅鼠；
（4）做好家畜管理，避免家畜糞便污染水源、食物；
（5）必要時配合接種疫苗，減少感染風險。
